Es la misión mejor conservada de todas las Californias, su construcción duro quince años, su estilo arquitectónico es Barroco. La misión tiene en su interior un retablo dorado, esculturas y un crucifijo del sigo XVIII al igual cuenta con un espacio que en su tiempo fue un cementerio. En el tiempo del apogeo de la Misión de San Javier, jardines y fuentes embellecían los exteriores.
Actualmente muchos de los creyentes acuden pagando mandas y entran de rodillas desde La Cruz de Calvario, monumento ubicado a cercanías de la misión.

Empezó siendo una capilla, con una pequeña casa donde vivía el sacerdote, llegando a ser considerada la Joya de las Misiones de Baja California.