Edificada en el año de 1697, marco el inicio de la época misional en las Californias. Fue la primer misión del Camino Real. Ha sido parte de procesos de restauración, ya que debido a un fuerte huracán fue parcialmente destruida, además en el año de 1974, dio inicio un proyecto para despuntar a Loreto como destino turístico, evento que favoreció a la misión, por ser de los principales atractivos de la zona.

En su interior se encuentran retablos y pinturas, que cuentan la historia de los jesuitas durante la colonia. La misión esta construida de cantera y techo de madera, cuenta con una campana del siglo XVIII, que ha sido encontrada en el fondo del océano por un pescador y vuelta a instalar.

La misión fue construida en honor a su Santa Patrona La Virgen de Loreto, como conmemoración del día del arribo del padre Juan María de Salvatierra a esta región el día de la Virgen de Loreto.